Cananéia, cidade histórica, região onde foi disputada às demarcações de terra e conflitos entre aventureiros e piratas espanhóis, portugueses e franceses, que passavam por ali a procura das riquezas do novo mundo, principalmente as duas maiores potências da época - Portugal e Espanha. Pela cobiça em garantir riquezas Portugal envia uma frota de navios a procura de ouro nesta terras onde se achava inexplorada.
Chega aqui em 24 de Janeiro de 1502 a expedição exploratória, comandada por Gaspar de Lemos e o cartógrafo Américo Vespúcio que dando o topônimo à baias, cabos e enseadas, deu-se o nome de Barra do Rio Cananor, trazia com eles o misterioso Bacharel Mestre Cosme Fernandes, degredado de Portugal pelo Rei D. Manuel, como consta no Livro dos Degredos no Museu do Tombo em Lisboa - a 25 graus de ladeza da costa sul do grande mar oceano - o que coincidia com a ilha do meio (Ilha do Cardoso), onde fixaram o marco do Tratado de Tordesilhas (Itacuruçá) em frente à Ilha do Bom Abrigo.
Passado-se anos a Coroa Portuguesa decide enviar mais uma de suas expedições à colônia, sob o comando de Martim Afonso de Souza, a armada atraca na Ilha do Bom Abrigo, em Cananéia, em 1531 (data mais tarde considerada a de fundação oficial), já havendo encontrado um povoado formado junto com o Bacharel, 6 europeus vivendo em família, duzentos mestiços e mais de mil e quinhentos índios vivendo na comunidade de Maratayama, assim era chamada a antiga Cananéia, onde consta no Diário de Navegação da Armada de Pêro Lopes, irmão de Martim Afonso de Souza.

Cananéia se vendo obrigada a ser testemunha dos conflitos e pela muita embarcações que aqui atracava, teve que desenvolver uma produção de meios de transportes para as tropas que se dirigiam ao Sul e reparos ás caravelas. Dotada de um excelente porto natural, a construção naval ganhou espaço durante os séculos XVII e XVIII.
Em 1782 já contava com dezesseis estaleiros e uma frota de mais de duzentas embarcações produzidas. Já no século XIX tal atividade decaiu em função do avanço de extração de madeira destinada à exportação, desta forma a "indústria naval" passou a servir quase que somente à pesca.
Naquela época Cananéia também se vendo ameaçada dos constantes ataques que, para se defender, construíram na Praça Martim Afonso de Souza a Igreja de São João Baptista, um edifício do século XVI, sem janelas e com enormes e fortes portões, tendo espaço suficiente para que os Nativos pudessem colocar através de suas fendas mosquetões para se defenderem, além de igreja era também uma espécie de Forte.

Hoje Cananéia tem no turismo e na pesca suas principais atividades e se destaca por dentro dos seus limites seis importantes unidades de conservação ambiental, além de ser um importante núcleo urbano tombado como Patrimônio Histórico pelo CONDEPHAAT, onde se preserva um Patrimônio de valor incalculável vistos através dos casarões restaurados e ruínas conservadas, marco junto ao descobrimento do Brasil.